被告辩称：因原告违法取得集体建设用地使用权，且土地使用权期限已经届满，原告自始不能依法取得集体建设用地使用权，应当依法收回；因原告没有依法办理建设工程规划许可证，原告对涉案房屋不具有合法产权，本案涉案房屋属于违章建筑。
另外，在本案中，虽然《中华人民共和国城市规划法》自2008年1月1日起因《中华人民共和国城乡规划法》的实施而失效，但是，《城市规划法》第二条、第三条有关该法的适用的空间效力、第三十二条和第四十条有关规划实施要求及其法律责任等规定，与《城乡规划法》第二条、第四十条和第六十四条的相关规定基本一致，二者之间并不存在直接的法律冲突。
因此，无论根据原告实施违法建设行为时的《城市规划法》还是根据现行的《城乡规划法》，原告的建设行为始终具有可罚性，被告所作出的期限拆除决定书符合我国相关行政法律法规规定，适用法律正确，程序正当。
京云律师则认为：原告史某在2001年建设案涉房屋时，申办了村镇建设许可证，后又补办了集体土地建设用地使用证和房屋所有权证，其建房行为不属于无证建设。被告依据当时正在实施的《中华人民共和国城市规划法》第三十二条认定原告的案涉房屋为违法建筑，显然属于认定事实不清、证据不足。
最终法院依照《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条第（一）项的规定，判决如下：
撤销被告于2018年6月12日作出的限期拆除决定书。
