法院经审理认为，刘某与A公司签订的商品房买卖合同系双方当事人的真实意思表示，内容不违反法律及行政法规的强制性规定，合法有效。双方均应按照合同的约定全面履行自己的义务。

      关于A公司称其于2023年2月8日将原告办理产权登记所需资料告知房地产主管部门备案，经法院向济南市不动产登记中心调查，济南市不动产登记中心未收到上述材料。按照合同约定，A公司应于收房360日内前将办理权属登记需由出卖人提供的资料报产权登记机关备案，但因A公司原因未成功备案，致使刘某2023年6月9日才能办理涉案房屋房产证。

      因A公司于2019年5月1日向刘某交付案涉商品房，故计算逾期办证违约金的起算点应自2019年5月2日后计算720日，即2021年4月21日为合同约定计算A公司应支付刘某逾期办证违约金的起算点。因刘某认可2023年6月9日即可办理权属登记，故违约金应计算至2023年6月9日。经核算，2021年4月21日至2023年6月9日，为680天，以购房款511623.92元为基数，按日万分之一的标准计算，最终法院依法判决A公司向刘某支付逾期办证违约金39906.6元。该判决现已生效。

      根据意思自治原则，商品房买卖合同当事人之间对买受人办理房屋产权证书期限有明确约定的，法院直接依据当事人的约定确定出卖人应承担的责任。A公司与刘某签订的《商品房买卖合同》中对逾期办证违约金进行了约定，《商品房买卖合同司法解释》第十四条规定逾期办证出卖人应承担违约责任，但需要注意的是逾期办证的原因需归责于开发商而非购房者才可适用该条。